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生物反应器有很多种类型。根据用途，它们具有多种形状，从使用酶来获取目标物质的经典例子，到培养细胞或微生物来生产目标物质的例子。用于生物制药生产的细胞培养和细菌培养设备有时被称为生物反应器。

液体生物反应器是最常见的，其中原料是液体形式。另一方面，在曲霉和酶工业中，由于原料是固体的，所以使用固体生物反应器。此外，利用植物细胞、藻类、光合细菌等进行光合作用的反应要素，设计用于供给光的光合生物反应器也已被开发并投入使用。

工业生物反应器相对较大，而分析生物反应器相对较小。具体来说，微生物反应器的目的是检测反应产物而不回收它们，并且已经开发出能够分析几毫升到几微升液体的模型。