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1. 行业

生物反应器广泛应用于食品、农业、畜牧业、渔业和化学工业等行业。该设备应用于医药、诊断服务和分析等领域，以及资源能源和生物电子学领域。

例如，在食品制造中，通过使大豆、大米和果汁与曲霉和酵母发生反应来生产味噌、酱油、清酒、葡萄酒等的方法可以被视为一种生物反应器。一个典型的工业例子是通过固定化酶（使其可重复使用）来大量生产氨基酸、糖等。

此外，在研究和医学领域，可以利用细胞培养来产生细胞内的功能物质，然后可以提取作为药用物质。

2. 物理化学

生物反应器也用于检测和量化物理化学物质。自动分析仪使用固定化酶来光学跟踪化学反应，并可连续分析许多样本。

生物传感器是一种通过电追踪反应的方法。具体例子包括酶传感器、微生物传感器和半导体生物传感器。